大理石、白云石和石灰石都属于材质较软的石材。因此在施工过程中以及日后的使用过程中都极易受到外界的污染，暴露出其耐污性差的弱点，如易受雨水、污垢等污染。较花岗石而言，这三种石材透水性高，更容易受到污染。为解决这一问题，最好的办法就是对其进行防护处理。
现在国际上普遍使用的是石材专用渗透性防护剂，其防护原理是防护剂渗透到天然石材的内部，沉积于石材毛细孔内部的微小颗粒之间，或附着于石材表面下的个体矿物分子上，以此来阻止水、油和污物进入石材。渗透性防护剂可为水性和溶剂型，并且通常都含有硅、矽利康、甲基矽酸盐或其他类似的硅化合物。渗透性防护剂也可分为两类：防水型和防油型。防水型主要用来阻挡水和水剂的化学物品，像果汁饮料、咖啡、茶和苏打水等。而防油型渗透性防护剂用来阻止水和油基液体渗入石材，如食用油、油脂和其它油类。防油型的渗透性防护剂同时具有防水功能，但防水性的产品则不一定能够防止油性污染。
       在用渗透性防护剂作防护处理时，需要考虑的一个因素是适选用了何种石材及其铺设的位置。针对大理石、石灰石和白云石不同的性质特点，我们应根据情况采用不同的处理方法。比如说，日常使用的厨房大理石地面，选择的防护剂一定要具有防油特性。而对于繁忙的酒店大堂地面，来往行人会留下许多脚印，很容易摩擦地面，这时为了保护表面的光泽度，除了需使用渗透性防护剂处理外，必要时还需涂布一层表面型的保护剂，甚至用抛光产品进行地面的抛光。
       此外，另一个需考虑的因素则是保养方式。如果白云石或大理石地面每日擦洗，受酸性化学物质腐蚀损坏的可能性就较大。如果忽略了对地面的保养，污垢就会堵塞在石材的毛细孔中。若石材本身具有很高的亮度则光泽度有可能受到磨损。这样，不管石材表面的防护处理效果多好，表面也会变脏、变暗。举例来说，较繁忙的酒店大厅地面每天都定期打扫灰尘并用水擦洗，也许只需用一种可以被清除掉的表面型保护剂来处理即可。但如换成家中的客厅，则完全不需每天用清洗剂清洗，用防水性较好的渗透性防护剂作防护就可以了。
       最后需要强调的是任何一种渗透性防护剂都不能在石材的最表面形成防护层，所以渗透性防护剂防护过的石材最好再进行一次表面防护处理，即需要使用表面性保护剂，这样石材才可真正算得上是得到了"双层保护"。因为任何一种石材的优秀养护方式是不需要打蜡的，蜡质层既不透气，又容易发黏，容易使石材表面颜色变黄，而使用透气性且不含蜡性物质的表面型保护剂，即可使石材和防护层得到进一步保护，又使石材保持天然的亮丽色泽，真可谓一举三得。