根据地质学家介绍，巴林石是富含硅、铝元素的流纹岩，受到火山热液蚀变作用而发生高岭石化形成的。巴林石在成矿晚期，一些硫化物和其他矿物质沿高岭石的裂隙贯穿，或斑布、浸染，因而扩大了高岭石的品种数量。另外，除了硅和铝，钙、镁、硫、钾、钠、锰、铁、钛等元素的存在和比例上的变化，也造就了巴林石丰富的色彩。如铁元素较多的会使石头呈黄、红色，锰元素的侵入，，就出现了石中有水草花的现象，铝元素多了，石材就会呈现灰色和白色。