研究叠层石的成因必须从研究现代叠层石入手。它们主要是层纹状叠层石，头状的柱叠层石，球状叠层石等。在温泉中还可发现蓝藻所形成的近乎锥状叠层石的构造。

现代叠层石主要生长于潮间带。生活于水下，但可露出水面。水体可以是正常海水、亦可以是闲化或淡化泻湖。叠层石的生长需要以下条件：

①蓝藻藻丛的生长发育;

②有一定数量的细小沉积颗粒供蓝藻的胶鞘粘附;

③水底的底流不太强烈，水底物质的位置相对稳定;

④叠层石增长速度大于它的剥蚀速度;

⑤叠层石在生长过程中应迅速得到固结，否则就会垮塌，不能具备形态学特征。

古代叠层石主要保存于石灰岩、白云岩中。在燧石层、磷块岩、铁矿中，甚至砂岩中也可发现叠层石。